Selv om Jacobsen først og fremst var arkitekt, viser arven hans at han er mer anerkjent for sine møbler og andre designverk enn for sine bygninger. Produktdesign kom til ham gjennom hans oppmerksomhet på detaljer og behov for å designe alle aspekter av kreasjonene sine. Da han fikk i oppdrag å designe St. Catherine College, endte han opp med å designe innvendige og utvendige møbler, dørhåndtak, stoler, porselen, lamper og til og med fisk til dammen. Disse detaljene var på ingen måte sekundære i forhold til bygningene hans, for de fikk raskt sitt eget liv og har blitt en nasjonal og internasjonal kulturarv. Jacobsen var kjent for å ha samarbeidet med møbelprodusenten Fritz Hansen i flere år, men det var først i 1951 at han gjorde et gjennombrudd i møbelhistorien med stolen Myren, opprinnelig designet for Novo farmasøytiske fabrikk, og i 1955 stolen Serie 7. Han skapte også Egg-stolen, som ble en stor suksess, og Svanestolen for SAS Royal Hotel i 1958. Andre design inkluderer Swan sofaen, Serie 3300 stoler, Tongue stolen, Dot Stool Model 3170, Pot stolen, Giraffe stolen og mer.